通過發酵,原料組織受到微生物酶的作用而崩解,原料細胞中的功能性成分得以充分釋放出來并發生小分子化而變得容易為人體吸收,有些酵素原料中有一些本身就是草本藥材,經過發酵轉化可進一步增加其功效,降低其副作用或產生具有抗癌、降血脂、抗氧化、提高機體免疫功能的物質,一些功能性物質例如有抗氧化作用的黃酮(黃酮類、異黃酮、皂苷等)通常以糖苷形態存在,因分子量大而人體難以吸收,只有經過腸道微生物作用后,糖基被水解而除去,苷元(配基)才易被人體吸收而發揮作用 。一些中藥之所以需要炮制(用蒸、煮、熬、煎、煉、浸等方法)來增強藥效、降低毒副作用其原因在此,而發酵也是一種炮制方法。

另外,果膠經過微生物發酵之后,可能會產生甲醇。在家中自制酵素,人們沒有后續去甲醇的工藝,這也是一種風險 。